По данным сайта Stringer, Елена Скрынник состоит в родстве с министром промышленности и энергетики Виктором Христенко (Stringer, 8 июля 2003).

Слухи о том, что Скрынник приходится Христенко сестрой, по всей видимости, не соответствуют действительности: сестру министра (дочь его матери, Христенко Людмилы Никитичны, от первого брака) зовут Надеждой; мать Елены Скрынник зовут Новицкая Тамара Дмитриевна.

Брат Скрынник Леонид Новицкий - гонщик и работал первым замом гендиректора в «Росагролизинге».

Известно также, что Елена Скрынник - крестная мать младшей дочери бывшего премьер-министра Михаила Касьянова, родившейся в 2005 году, в свою очередь Касьянов - крестный отец ее детей-близнецов Миши и Иры, тоже родившихся в 2005. .

После перехода Михаила Касьянова в оппозицию, и особенно после попытки отъема у Касьянова дачи, прекратила тесное общение с семьей Касьянова.